8 мая 1918 года Приказом Наркома по военным делам № 339 был создан Всероссийский главный штаб 13 ноября 1918 года приказом Реввоенсовета Республики (РВСР) было образовано самостоятельное подразделение Общее и Шифровальное отделение Отчётно-организационного отдела Организационного управления. Позже специальные органы были созданы в полевых штабах, в главных управлениях, в центральном управлении военных сообщений.

К 1920 году система защиты военных секретов дошла до соединений.

5 мая 1921 года при ВЧК создаётся специальный отдел по вопросам шифровального и расшифровального дела в стране.

В 1930-е годы решался процесс механизации шифрования. В 1936 году была разработана первая шифровальная аппаратура В-4. В 1937 году была создана кодировочная машина К-37 «Кристалл».

Участие шифровальных органов в вооружённых конфликтах до начала Великой Отечественной войны:

1938 год — конфликт у озера Хасан;
1939 год — вооружённый конфликт на реке Халхин-Гол;
1939—1940 года — Советско-финляндская война;
1936—1939 года — Гражданская война в Испании;
1937—1945 года — Национально-освободительные войны в Китае против японских захватчиков.
На момент начала Великой Отечественной войны имелось 932 шифроргана. Во время войны на укомплектование было направлено 16 000 специалистов. Боевые потери за годы войны составили 2163 человека.

После войны шифрованная связь являлась надёжным видом скрытой связи в Вооружённых силах СССР; предназначалась для передачи важных сведений, а также сообщений, требующих особой конфиденциальности.

Наименование центральных шифровальных органов, которым подчиняется служба ЗГТ Вооружённых Сил в разные годы: